Cистематика грибов — раздел микологии, занимающийся естественной классификацией грибов. Принципы систематики в микологии базируются на общих принципах биологической систематики.

Грибы являются одним из наиболее сложных для систематики объектов, особенно для создания естественной, филогенетической системы. Научные представления о грибах, об их происхождении и месте в системе живого мира бурно развивались и часто менялись в течение всего периода изучения этих организмов, это отражалось и на систематике. Линней поместил грибы в царству растений, но уже у него были сомнения по этому поводу. В первой половине XIX века Э. Фрис впервые предложил определить грибы в самостоятельное царство, но этот взгляд не находил поддержки учёных почти полтора века, до 1970-х годов. К концу XX века сформировалось представление о том, что и одного царства мало для этих, очень разнообразных по жизненным формам, морфологии и происхождению организмов.

Часть отделов переносят из царства Mycota в царства Protozoa и Chromista, введённые в последние годы XX века, и называют «грибоподобными организмами». В начале XXI века система грибов продолжает бурно развиваться, в неё постоянно вносятся коррекции, проводимые на основании результатов комплексного анализа морфологических, цитологических, биохимических и молекулярно-генетических признаков. Поскольку наиболее современные представления в этой области не обладают стабильностью, они не могут быть достаточно полно отражены в учебной литературе, авторы вынуждены отражать компромиссные варианты, основанные на более старых, традиционных представлениях.

Грибы — это дьявольское произведение, нарушающее общую гармонию природы, чтобы смущать самых талантливых исследователей и приводить в отчаяние молодых ботаников.

— Себастьян Вайян (1669—1722) (фр.)

Вплоть до конца XVIII века не существовало каких-либо приемлемых принципов для научной классификации грибов. Грибы разделяли на небольшое число групп, исходя из народной классификации — на пористые и пластинчатые, или даже на съедобные и несъедобные (Большой гербарий, Великобритания, 1526; К. Клузиус, 1601).

Непонятно было к какому царству природы относить грибы, их считали травами и кустарниками без цветов и плодов, относили даже к морским животным или к минералам. Карл Линней определил место грибам в последнем классе своей системы, где объединялись под названием «тайнобрачные» все споровые и низшие растения. Ещё долгое время после Линнея грибы не выделяли в отдельное царство, а относили к низшим растениям. Сам Линней называл всю эту группу хаосом, в котором невозможно найти никакой системы. Он описал лишь очень незначительное число родов грибов, разделив их на основании самых грубых признаков — структуры нижней поверхности шляпки (гименофора) и общей формы плодовых тел, фактически повторив народную классификацию. Так, все пластинчатые грибы он определил в род Agaricus, пористые — в род Boletus, а в род Phallus попали как гастеромицеты с фаллюсовидным рецептакулом, так и сморчковые грибы-аскомицеты.

Начало трудов над созданием естественной системы

К началу XIX века было описано уже несколько сотен видов грибов, в том числе плесневых, и уже в 1801 году появилась работа Христиана Персона (англ.) «Synopsis methodica fungorum»[1], первая попытка разобраться в грибном хаосе и расширить систему Линнея. Персон разделил грибы на два класса каждый по три порядка, порядки же разбил на семейства. Многие семейства, введённые Персоном используются и в современной систематике.

Система грибов Персона:

CLASSIS I Angiocarpi

ORDO I Sclerocarpi

ORDO II Sarcocapri

ORDO III Dermatocarpi

CLASSIS II Gymnocarpi

ORDO IV Lythothecii

ORDO V Hymenophecii

ORDO VI Naematophecii

Классы Персон определил по признаку местонахождения спороносного слоя: первый класс — грибы закрытые, с внутренним гимением, второй — открытые, с гимением на внешней поверхности. В порядок I вошли грибы с твёрдой стромой, во II — мясистые, в III — с кожистой оболочкой и мякотью, превращающейся в порошок, в IV порядок попали роды Phallus и Clathrus, V был разделён на 6 семейств по признаку строения гимения — агариковые (пластинчатые), болетовые (пористые), гидновые (см. Ежовик) и др. В 6-е семейство (Helvelloidei) этого порядка вошли сморчковые грибы и дрожалки. VI порядок — плесневые грибы, Fungi bissoidei. В то время не был ещё открыт мицелий, его считали самостоятельным организмом — «биссусом», который тоже вошёл в VI порядок системы Персона как род Rhizomorpha с описанием «rigida glabra fibrae aut radiciformis (жёсткие гладкие волокна или корневидный)».